Tienes tu tienda online casi lista y llega la pregunta que nadie te explica bien: ¿qué pasarela de pago uso? Webpay suena conocida, Khipu la viste en una ferretería, Flow te la recomendó alguien, y Mercado Pago parece fácil de instalar. Todas cobran comisiones, todas tienen sus mañas, y elegir mal puede significar pagar más de lo que debes —o perder ventas porque el cliente no puede pagar como quiere.
Esta guía compara las 4 opciones más usadas en Chile con números reales y sin letra chica, para que tomes la decisión en 10 minutos.
¿Qué es una pasarela de pago y por qué necesitas una?
Una pasarela de pago es el puente entre tu tienda y el banco del cliente. Cuando alguien hace clic en “Pagar”, la pasarela captura los datos, procesa el cobro con Visa, Mastercard o el banco directamente, y te deposita el dinero después.
Sin una, tu tienda online no puede recibir pagos. Así de simple.
Lo que varía entre pasarelas son tres cosas: cuánto cobran por transacción (comisión), en cuántos días te transfieren la plata (plazo de abono) y qué medios de pago soportan. La combinación de esas tres variables define cuál te conviene.
Tipos de pago que existen en Chile
Antes de comparar, conviene entender que hay dos tipos de pago muy distintos en el mercado chileno:
- Tarjeta de crédito/débito: el cliente paga con su Visa o Mastercard. Aquí manda Transbank/Webpay.
- Transferencia bancaria instantánea: el cliente transfiere directo desde su app de banco, sin tarjeta. Aquí destaca Khipu.
- Ambos combinados: Flow y Mercado Pago permiten cobrar con tarjeta y por transferencia en la misma plataforma.
Esta distinción importa porque las comisiones son muy distintas según el tipo de pago.
Tabla comparativa: comisiones y plazos (2026)
| Pasarela | Comisión tarjeta crédito | Comisión débito/prepago | Comisión transferencia | Plazo de abono |
|---|---|---|---|---|
| Webpay (Transbank) | 2,35% + IVA* | 1,75% + IVA* | No aplica | 2–3 días hábiles |
| Flow | ~2,95% referencial** | ~1,79% referencial** | ~1,5% referencial** | 2–7 días hábiles |
| Khipu | No aplica | No aplica | 0,69% + IVA*** | 1–2 días hábiles |
| Mercado Pago | ~2,99%–5,99%** | Variable | ~1,5% referencial** | 1–15 días hábiles |
*Transbank: tarifas para comercios nuevos vigentes desde el 20 de mayo de 2026, sin IVA. Verificar contrato vigente.
**Flow y Mercado Pago: comisiones referenciales basadas en tarifarios públicos; varían según volumen y plan contratado.
***Khipu: 0,69% + IVA sobre el monto para pagos por transferencia instantánea, o tarifa fija de UF 0,0105 + IVA por transacción (fuente: comparativa Rebill, 2026).
Ojo con el IVA: en Chile las comisiones se expresan generalmente “sin IVA”. Eso significa que debes sumarle el 19%. Por ejemplo, el 2,35% de Webpay en crédito termina siendo ~2,80% real. No es dramático, pero cuenta cuando el volumen sube.
Webpay (Transbank): el estándar de confianza
Webpay es el botón de pago más reconocido de Chile. Es de Transbank, el procesador que opera la gran mayoría de los terminales del país. Si tu cliente tiene tarjeta de un banco chileno, casi con certeza puede pagar con Webpay.
Por qué conviene:
- Confianza inmediata: el botón naranja es familiar para cualquier chileno. Menos dudas = menos abandono de carrito.
- Compatible con crédito, débito y prepago de prácticamente todos los bancos locales.
- Integración disponible para WooCommerce (WordPress), Shopify y otras plataformas.
Qué tener en cuenta:
- La comisión de tarjeta de crédito (2,35% + IVA) es la más alta del grupo para comercios nuevos.
- El proceso de afiliación puede tomar semanas: pide inicio de actividades vigente en el SII y cuenta corriente.
- No procesa transferencias bancarias. Si tu cliente quiere pagar por transferencia, necesitas otra plataforma.
Para quién es ideal: tiendas que quieren la mayor confianza posible con sus clientes y venden principalmente con tarjeta.
Flow: una integración para todo
Flow es una pasarela chilena que agrupa múltiples medios de pago en un solo código de integración: tarjeta de crédito (vía Transbank), débito, transferencias bancarias y Mercado Pago. Con un solo contrato, tu cliente puede pagar como quiera.
Por qué conviene:
- Una sola integración cubre casi todos los medios de pago del mercado chileno.
- Comisiones competitivas en transferencias (referencial: ~1,5% según plan).
- Panel de administración simple para hacer seguimiento de cobros y retiros.
- Afiliación suele ser más ágil que ir directo a Transbank.
Qué tener en cuenta:
- Las comisiones de tarjeta son similares o levemente superiores a Webpay según el plan.
- Al ser intermediario, el abono puede tomar hasta 7 días hábiles.
- Si el cliente paga con tarjeta, la transacción igualmente pasa por Transbank en el fondo.
Para quién es ideal: tiendas que quieren abarcar múltiples formas de pago sin firmar contratos por separado con cada plataforma.
Khipu: la opción más barata para transferencias
Khipu es la alternativa de menor costo para pagos por transferencia bancaria instantánea. No procesa tarjetas. El cliente elige su banco, autoriza la transferencia desde su propia app bancaria, y el pago se confirma en segundos.
La comisión es de 0,69% + IVA sobre el monto, o una tarifa fija de UF 0,0105 + IVA por transacción. A valores de julio 2026 (1 UF ≈ $39.000 CLP), la tarifa fija equivale a ~$410 + IVA por cobro. Para ventas sobre $60.000 CLP, la tarifa porcentual suele ser más conveniente.
Por qué conviene:
- Comisión más baja del mercado en transferencias: a 0,69% + IVA, la diferencia con el 2,35% + IVA de Webpay en crédito es muy significativa con volumen.
- Abono en 1–2 días hábiles: más rápido que la mayoría.
- El cliente no necesita tarjeta: basta con tener cuenta bancaria.
- Funciona bien para servicios B2B donde el cliente ya prefiere transferencia.
Qué tener en cuenta:
- No acepta tarjetas. Si tu cliente quiere pagar con crédito o débito, Khipu no puede.
- Muchas tiendas lo usan combinado con Webpay o Flow: Khipu para quien paga por transferencia, y Webpay o Flow para quien paga con tarjeta.
Para quién es ideal: negocios de servicios, B2B o tiendas donde los clientes ya tienen el hábito de pagar por transferencia. También como complemento de bajo costo junto a Webpay.
Mercado Pago: fácil de arrancar, pero revisa los costos
Mercado Pago es la solución de pago de MercadoLibre, muy popular entre emprendedores que parten de cero. La integración es rápida, acepta tarjetas locales e internacionales, y no requiere los mismos trámites que Transbank.
Por qué conviene:
- Integración en horas, especialmente en WooCommerce o Shopify.
- Acepta tarjetas internacionales (Visa/Mastercard global) además de las chilenas.
- Sin mensualidad: se paga solo por transacción.
Qué tener en cuenta:
- La comisión de tarjeta puede ser más alta que Webpay según el plan (referencial: 2,99%–5,99%).
- El plazo de abono en el plan básico puede llegar a 15 días hábiles; para acreditación en 24h se paga una comisión mayor.
- Algunos negocios reportan bloqueos temporales en cuentas nuevas con volumen inusualmente alto desde el inicio.
- Es un ecosistema latinoamericano, no exclusivamente chileno, lo que a veces genera confusión en el soporte local.
Para quién es ideal: emprendedores que están probando su negocio y quieren arrancar rápido con la menor fricción posible, o tiendas con clientes extranjeros.
¿Cuál conviene según tu tipo de negocio?
No hay una respuesta universal. Aquí una guía rápida:
Si vendes productos físicos con ticket alto (más de $80.000 CLP): → Webpay + Khipu como complemento. Confianza de Webpay en tarjeta y comisión baja de Khipu en transferencia.
Si quieres una sola integración para todo: → Flow. Cubre tarjeta y transferencia con un contrato y un panel.
Si eres un servicio B2B o cobras por proyecto: → Khipu por comisión baja y abono rápido. Combínalo con transferencia manual para casos donde el cliente lo prefiera.
Si estás partiendo y quieres testear rápido: → Mercado Pago. Fácil de activar, aunque revisa las comisiones y plazos cuando el volumen crezca.
Si priorizas la confianza del cliente por encima de todo: → Webpay. El botón naranja genera menos abandono de carrito porque el chileno lo reconoce.
Antes de elegir, chequea esto también
Más allá de las comisiones, hay cosas prácticas que impactan tu operación diaria:
- ¿Tiene plugin oficial para tu plataforma? Una integración rota es peor que una comisión alta. Confirma que haya módulo probado para WooCommerce, Shopify o lo que uses.
- ¿Cómo afecta el plazo de abono a tu flujo de caja? Si compras mercadería para reponer, esperar 7 días puede tensionarte.
- ¿Tu cliente compra desde celular? El 59% del e-commerce chileno en 2024 se realizó desde dispositivos móviles (PCMI). Si el proceso de pago es lento o confuso en el celular, pierdes ventas.
- ¿Necesitas boleta electrónica integrada? Eso no lo resuelve la pasarela: necesita conectarse con tu sistema de facturación del SII (DTE).
Si aún estás pensando si vale la pena armar la tienda completa o partir con algo más simple, lee cuánto cuesta una tienda online en Chile para tener el panorama de la inversión total. Y si estás comparando plataformas web, en WordPress vs Wix para pymes chilenas revisamos cuál base técnica te conviene más.
En resumen
Las comisiones importan, pero no son todo. Webpay te da la mayor confianza del mercado para tarjeta. Khipu te da el costo más bajo si tus clientes pagan por transferencia. Flow te da una sola integración para ambas. Mercado Pago te da velocidad de arranque.
La mayoría de las tiendas serias en Chile terminan con Webpay + Khipu o directamente con Flow, para no perder ventas por la forma de pago. Si estás partiendo, empieza con una y agrega la segunda cuando el negocio esté rodando.
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